Les activités de recherche sont menées au sein du Centre de Recherche UEMF. L’organisation interne de ce centre comprend trois unités en Génie, Sciences Humaines et Sociales et Biomédical-Biotechnologie.
Les équipes de recherche sont accréditées par l’Université, regroupant chacune plus de deux enseignants-chercheurs. Le Centre dispose de plateformes technologiques dotées d’équipements scientifiques et technologiques de très haut niveau accessibles à toute la communauté scientifique du Centre. Le Centre est doté d’un directeur, d’un comité de pilotage, et d’un conseil scientifique.
Les activités de recherche sont menées sur des thématiques prioritaires répondant aux besoins de la stratégie de recherche et d’innovation de l’UEMF. Le personnel de recherche, qui inclut les doctorants, les post-doctorants, les professeurs-chercheurs, les ingénieurs et les techniciens, doit se conformer au plan de travail approuvé par les instances dirigeantes de l’Université en matière des axes prioritaires de l’UEMF et dans le strict respect de la charte d’éthique de l’UEMF et les normes en vigueur concernant l’utilisation d’animaux ou encore d’expérience sur l’humain.
Le personnel de recherche de l’Université est encouragé à chercher d’autres sources de financement en tissant des liens avec le monde socio-économique et industriel et en participant aux programmes de financement nationaux et internationaux. Des primes d’encouragement à ce sujet sont mises en place par l’UEMF pour récompenser les professeurs-chercheurs les plus actifs. Un chercheur de l’UEMF qui obtient un projet de recherche financé par des sources externes à l’Université est lui-même ordonnateur des dépenses afférentes à son projet de recherche. Les chercheurs peuvent inclure dans le budget du projet de recherche soumis aux organismes subventionnaires des primes personnelles approuvées par ledit organisme subventionnaire et par l’UEMF. L’Université peut aussi attribuer des primes de recherche pour les professeurs-chercheurs les plus méritants et notamment ceux qui publient les résultats de leurs travaux de recherche dans des journaux internationaux de prestige et à très haut facteur d’impact comme NATURE et SCIENCE.